DNAフラグメントの精製

アガロースゲルを用いた電気泳動によるDNAの分離

1. 切り出し用のアガロースゲルを作製する（コームが太い方でゲルを作る）。
2. 1 wellあたり20 µL程度アプライ出来るので、DNA溶液の量は15 µL程度が望ましい。つまり、DNA溶液15 µLにBPBやXCの5xDyeを3 µL程度入れ、18 µL程度の液量にしておけば、全量を1 wellにアプライできる。
3. 電気泳動を15〜20分程度行い、DNAの各フラグメントを分離する。

ゲルからの切り出し

1. 電気泳動の終わったゲルを緑色LEDライト点灯化でバンドを可視化させて、清浄なメスにより切り出す。（もし、PCR産物が単一バンドならこのステップは省略可能）

ゲルから切り出したDNAフラグメントの精製
Gel and PCR Clean up Kit (Macherey-Nagel)を用いて行う

1. 空チューブで0合わせをして、切り出したゲルの重さを量る。
2. 添付試薬NTIをゲル重量の2倍量（2%以上のゲルなら4倍量）を加え、50℃で2, 3分間シェイキングしながら加熱処理し、完全に可液化させる。2, 3分経っても可溶化していなければ、もっと時間をかける。
3. 可溶化液をNucleoSpinカラムに添加し、11,000xgで10-30秒間遠心する。
4. パススルー液を捨て、カラムに添付試薬NT3（最初に使用し始める時にエタノールを200 mL入れる）を700 µL入れ、11,000xgで10-30秒間遠心する。
5. 4.をもう一回行う。
6. パススルー液を捨て、何も加えずに11,000xgで1分間遠心することで、カラムを乾燥させる。
7. カラムを新しい1. 5 mlチューブに移し、添付試薬NE 30 µLを膜の中心部に滴下し、１分間静置する（複数サンプルがある時はチップを交換する。）。
8. 11,000xgで１分間、遠心し、DNAフラグメントを溶出させる。